液相色谱和离子色谱都是液相色谱的一种，但是两者在结构和分析对象上还是存在一些差异的。很多人都会把离子色谱作为一个单独的大类来考虑。作为液相色谱仪和离子色谱仪生产厂家谱析仪器就从仪器结构和应用范围两个方面出发，聊聊它们之间的区别。
在仪器结构方面：液相色谱和离子色谱均有溶剂输送系统、进样系统、检测系统和信号记录和处理系统，但由于液相色谱和离子色谱所用的流动相不同，因而检测方式及信号处理也不同，在各部件上有一些差别。
A、液相色谱一般采用溶剂作淋洗液，因此多数采用金属泵体，可以耐多种类型的溶剂，但对于酸或碱性流动相，易产生腐蚀现象。随着液相色谱在生物领域的应用，为了金属对一些生物活性物质的吸附作用，一些在生物方面应用的液相色谱仪器也采用PEEK材料作为泵体、流路和阀。在这一领域，离子色谱和液相色谱具有了通用性。
离子色谱一般采用酸、碱及盐的水溶液作为流动相，要求系统可以耐酸、耐碱，因此通常离子色谱装置采用非金属材质。例如：采用聚醚醚酮(PEEK)塑料作为泵体、流路和阀体等要求耐高压的部分，而以聚四氟乙烯或PEEK材料作为检测器，外接管路等。由于加工和强度方面的差异，一般情况下全塑的材料在耐压强度和精度上比金属材料要略低一些。
B、离子色谱可分为已知型和非已知型，采用已知器的已知型离子色谱目前应用广。液相色谱没有类似的装置。已知器在结构上与液相色谱的柱后衍生系统相似，但已知器是已知型离子色谱组件之一。非已知型离子色谱不用已知器，与液相色谱相似，一些非已知型离子色谱有时可以采用液相色谱的泵、流路和进样阀。
C、检测器是液相色谱和离子色谱的又一主要差别。液相色谱一般采用紫外-可见光度检测器；而离子色谱通用的是电导检测器。
液相色谱和离子色谱的分析对象差别很大。液相色谱作为分析仪器中使用的一类仪器，在许多领域中被应用。采用液相色谱时，常要求被测物具有光度吸收，因此液相色谱一般可以用于化合物的分析。而离子色谱主要利用离子在水溶液中电离产生电导的特点，因而主要用于无机离子的分析。
当然，液相色谱和离子色谱的应用并不是没有交叉，目前离子色谱已经用于化合物的分析，而液相色谱也可以解决大量无机离子的分析问题，两种分离模式具有互补性。一些液相色谱无法解决的分析难题，可以用离子色谱的方法来解决。